• در طی این سالیان بابیان و سپس بهائیان ایران به نحو وحشیانه‌ای مورد آزار و اذیت مردمان قرار می‌گرفتند. علت اصلی این آزار و اذیت‌ها آن بود که ایشان «مرتد» یا از دین خارج شده تصور می‌شدند و علمای اسلامی نیز وجود و گسترش آنان را در تضاد با منافع خود در می‌یافتند. بهائیان در این دوره، در شهرهای مختلف ایران مورد آزار و اذیت قرار می گرفتند. نزدیک به ۲۰ هزار بابی و بهائی در طی این سالیان کشته شدند.

این دوران، نسبت به دوره اول، آزار و اذیت بهائیان کاهش یافت. البته همچنان افرادی که بهائیان را مورد آزار و اذیت قرار می‌دادند مورد تعقیب قضایی قرار نمی‌گرفتند و از این رو حمایت حکومت را دریافت می‌کردند. بهائیان در این دوران نیز اجازه چاپ آثارشان نداشتند. مدارس بهائی که تعدادشان به بیش از ۵۰ مدرسه می‌رسید، در زمان رضاشاه بسته شد و هیچ‌گاه اجازه ادامه فعالیتهای آموزشی خود را نیافت. در طی دهه ۳۰ شمسی، بهائیان به دنبال تحریک‌هایی که علمای اسلامی علیه بهائیان در رادیو انجام دادند کشته شدند و یا خانه‌هایشان به آتش کشیده شد.

بهائیان در این دوران، همان آرامش نسبی و کاهش آزار و اذیت‌هایی را که در چند دهه قبل تجربه کرده بودند از دست دادند. چند صد نفر بهائی در سالهای بعد از انقلاب اعدام شدند، چند هزار نفر از بهائیان زندانی شدند و موسسات اداری بهائی (محافل محلی و محفل ملی) در ایران تعطیل شد. موارد دیگر هم لیست شود: فشار اقتصادی، محرومیت از تحصیل، اخراج از کار ….. می شود شاید گفت نقش کامل حقوق شهروندی، تصرف و تخریب اماکن مذهبی و مقدس

بخشی از فشارها وارده به جامعه بهائی ایران بعد از انقلاب ۱۳۵۷ را می توان چنین خلاصه کرد:

• اعدام و قتل بیش از ۲۰۰ بهائی به خصوص در سالهای اول انقلاب.
• دستگیری و اعدام اعضای شوراهای انتخابی در سطح محلی و ملی.
• شکنجه و زندانی نمودن صدها بهائی.
• مصادره گسترده اموال و املاک افراد و جامعه بهائی.
• اخراج بهائیان از تمامی شرکت‌های دولتی و ممانعت از پرداخت حقوق.
• ممانعت از پرداخت حق بازنشستگی بهائیان.
• مصادره و تخریب اماکن دینی بهائیان.
• ممانعت از ثبت ازدواج بهائیان در شناسنامه
• ایجاد فشار بر صاحبان مشاغل غیر بهائی برای اخراج کارمندان بهائی.
• ایجاد محدودیت‌های شغلی نظیر پلمپ کردن مغازه‌ بهائیان.
• عدم صدور جواز کفن.
• مصونیت قضائی برای متجاوزان به حقوق بهائیان.
• انتشار کتب و مقالات، و ساخت برنامه‌های رادیویی و تلویزیونی نفرت‌پراکنانه علیه بهائیان.
• اخراج اساتید و دانشجویان بهائی از دانشگاه‌ها.
• ممانعت از ورود بهائیان به دانشگاه و ادامه تحصیلات عالی.
• نفرت‌پراکنی علیه دانش‌آموزان بهائی در مدارس.
• یورش به خانه‌های بهائیان و ضبط کتب، عکس‌ها، لپ‌تاپ و موبایل شخصی ایشان
• منع امکان داشتن مشاغلی همچون بقالی، آرایشگاه و سلمانی، فروش محصولات لبنی و …

بسیاری از فشارهایی که به بهائیان ایران بعد از انقلاب ۱۳۵۷ وارد شده است، از پیامدهای فتاوی دینی‌ای بوده است که روحانیون مسلمان صادر کرده‌اند. برخی از این فتاوی عبارتند از:

فتوای آیت الله خمینی: آیت‌الله خمینی بهائیان را حزبی سیاسی و جاسوس برشمرده و ایشان را ضاله، کافر و نجس می‌داند. ایشان معتقد بودند که با بهائیان نباید معامله اقتصادی کرد و هرگونه وام دادن و پول دادن و همینطور قرض گرفتن از بهائیان حرام است. او مخالف ورود بهائیان به حمام‌های عمومی مسلمین بود.

حکم آیت‌الله خامنه‌ای: آیت‌الله خامنه‌ای علیه بهائیان هم فتوا صادر کرده است و هم در حکمی حکومتی خواهان برخورد سیستماتیک با بهائیان شده است. او در فتوایش بیان کرده است که «جمیع افراد فرقه ضاله بهائی محکوم به کفر و نجاست هستند و از غذا و سایر چیزهایی که با رطوبت مسری در تماس با آنها بوده‌است باید اجتناب کرد و در صورت تماس آنها با چیزی، مراعات مسائل طهارت در رابطه با آنها، نسبت به اموری که مشروط به طهارت است، واجب است.» همچنین او در حکمی که مورخ ۶ اسفند ۱۳۶۹است خواهان برخورد روشمند اقتصادی و فرهنگی با بهائیان شده است.

فتوای آیت‌الله نوری همدانی: او معتقد است که بهائیان «از سگ هم نجس‌تر هستند و فرقه ای من‌ در آوری هستند. تبلیغ فرقه آنها حرام است چون گرایش به کفر دارند و سبب مرتد شدن انسانها می‌شوند.»

فتوای آیت‌الله العظمی بروجردی: «لازم است مسلمین نسبت به این فرقه معاشرت و مخالطه و معامله را ترک کنند»

فتوای محمد فاضل لنکرانی: «بهائی‌ها مسلمان نمی‌باشند بلکه کافر و نجس‌اند. سلام ابتدایی به آن‌ها جایز نیست و در دست دادن به آن‌ها باید مراقب احکام نجس و پاکی باشید. غذای آن‌ها نجس است و خوردن آن، حرام است.»

محمدتقی بهجت، جعفر سبحانی، میرزا جواد تبریزی، صافی گلپایگانیق و ناصر مکارم شیرازی نیز از دیگر مراجع تقلید هستند که بهائیان را نجس اعلام کرده و هر گونه ازدواج و معاشرت و معامله با آن‌ها را مطلقاً حرام می‌داند.

در کنار تمامی این فتاوی، فتوای بی‌سابقه آیت‌الله منتظری، برای اولین بار به دفاع از حقوق شهروندی بهائیان مبادرت کرد:

«فرقه بهائیت چون دارای کتاب آسمانی همچون یهود، مسیحیان و زرتشتیان نیستند در قانون اساسی جزو اقلیت های مذهبی شمرده نشده اند، ولی از آن جهت که اهل این کشور هستند حق آب و گل دارند و از حقوق شهروندی برخوردار می باشند، همچنین باید از رافت اسلامی که مورد تاکید قرآن و اولیاء دین است بهره مند باشند»
آیت‌الله خمینی بهائیان را حزبی سیاسی و جاسوس برشمرده و ایشان را ضاله، کافر و نجس می‌داند. ایشان معتقد بودند که با بهائیان نباید معامله اقتصادی کرد و هرگونه وام دادن و پول دادن و همینطور قرض گرفتن از بهائیان حرام است. او مخالف ورود بهائیان به حمام‌های عمومی مسلمین بود.

ماده مکرر ۸۸۱ قانون مدنی، یکی از قوانین تبعیض آمیز علیه کلیه اقلیت‌های دینی در ایران، چه رسمی و چه غیررسمی، بوده است. این قانون که بیان می‌دارد:: «کافر از مسلم ارث نمی‌برد و اگر در بین ورثه متوفای کافری مسلم باشد وراث کافر ارث نمی‌برند اگرچه از لحاظ طبقه و درجه مقدم بر مسلم باشند.» این قانون سبب شده است که اگر در یک خانواده غیر مسلمان یک نفر از اعضای آن خانواده فوت کند و عضوی دیگر اظهار مسلمان بودن بکند، آن فرد مسلمان، تمام ارث خانواده را مالک می شود. در سالهای اخیر تلاش هایی برای تغییر این قانون صورت گرفته است.

علاوه بر قانون تبعیض آمیز در رابطه با ارث، موارد دیگری نیز در قانون اساسی وجود دارد که برای اقلیت‌های دینی تبعیض آمیز است. برای نمونه می توان به موارد زیر اشاره کرد:

منع انتخاب شدن به عنوان رهبر یا عضویت در شورای رهبری
منع انتخاب شدن به عنوان رئیس جمهور
منع عضویت در مجلس خبرگان
منع اشتغال در مشاغل قضائی