شیخ احمد خنجی، امام جمعه اهل سنت پارسیان خاطر حذف نیروهای اهل سنت از دولت در مناطق سنی نشین و جایگزین آنها با نیروهایی که جایگاهی پیش مردم ندارند، از ابراهیم رییسی گلایه میکند. او می‌گوید: حدود ۷۰ تا ۸۰ درصد مردم این منطقه اهل سنت هستند، توقع اهل سنت این است که مدیران کلیدی اهل سنت هم داشته باشند.
نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی اقلیتهای مذهبی نظیر بهاییان، دراویش گنابادی، نوکیشان مسیحی و اهل سنت را متهم به اتهامات امنیتی کرده و آنان را به زندان می‌افکنند. بر طبق ماده ۴۹۹ کتاب پنجم تعزیرات، اتهام عضویت در گروه‌هایی که با هدف بر هم زدن امنیت کشور تشکیل شده باشند، دارای مجازات سه ماه تا پنج سال زندان است. همچنین ماده ۵۰۰ همین قانون می‌گوید که تبلیغ علیه نظام جمهوری اسلامی و همچنین تبلیغ به نفع گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی دارای مجازات سه ماه تا یک سال زندان است. اکثر مواردی که شهروندان متعلق به اقلیتهای مذهبی محکوم به زندان می‌شوند، مبتنی بر این دو ماده قانونی است. این در حالی است که فعالیتهای مذهبی ارتباطی با اتهامات امنیتی نداشته و جمهوری اسلامی بدون دلیل و مدرک شهروندان متعلق به اقلیتهای مذهبی را متهم به فعالیت علیه امنیت کشور میکند.