ماده ۲۲۱ قانون مجازات اسلامی سال ۱۳۹۲ زنا را جرم دانسته است. ماده ۲۲۴(پ) قانون مجازات اسلامی می‌گوید که مجازات مرد غیرمسلمانی که با زن مسلمان زنا کند، اعدام است؛ در حالی که برای مسلمانان، اعم از زن یا مرد، مجازات اعدام فقط در صورت ثبوت احصان و یا موارد مشخص دیگر از جمله زنا با محارم در نظر گرفته شده است. به عبارت دیگر، برای مسلمانان مذهب عاملی تعیین‌کننده در مجازات زنا نیست. اما غیرمسلمانان از دو سو مورد تبعیض قرار می‌گیرند. اول اینکه بر طبق قوانین مذهبی که به آن باور ندارند، مجازات می‌گردند. دوم اینکه برای جرم مشابه با مجازات سنگین‌تری مواجه می‌شوند. این قوانین تبعیض‌آمیز نقض صریح ماده ۲۶ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی است. این ماده می‌گوید: «کلیه اشخاص در مقابل قانون متساوی هستند و بدون هیچ‌گونه تبعیض استحقاق حمایت بالسویه قانون را دارند. از این لحاظ قانون باید هر گونه تبعیضی را منع و برای کلیه اشخاص حمایت مؤثر و متساوی علیه هر نوع تبعیض خصوصاً از حیث نژاد، رنگ، جنس، زبان، مذهب، عقاید سیاسی و عقاید دیگر، اصل و منشأ ملی یا اجتماعی، مکنت، نسب، یا هر وضعیت دیگر تضمین بکند.»
بر اساس تبصره ۱ ماده ۲۳۴ قانون مجازات اسلامی سال ۱۳۹۲ مجازات مرد غیرمسلمانی که متهم به ارتکاب لواط با یک مرد مسلمان شده و محکوم شود، اعدام است. این در حالی است که مجازات این جرم برای مسلمانان فقط در هنگامی اعدام است که یا «مفعول» باشند و یا دارای «احصان» شناخته شوند.
ماده ۲۳۶ قانون مجازات اسلامی برای مرد غیرمسلمانی که با مردی مسلمان مرتکب جرم «تفخیذ» شده و در این رابطه جنسی «فاعل» باشد، مجازات اعدام را در نظر گرفته است. شایان ذکر است که برای مسلمانان جرم تفخیذ در هیچ حالتی مجازات اعدام را در بر ندارد.
جرم «قذف» نیز از جمله مواردی است که مساله مذهب در تعیین شدت مجازات نقش بسزایی دارد. قذف که در واقع وارد کردن تهمت رابطه جنسی غیرمجاز است، می‌تواند مجازات اعدام را در پی داشته باشد. اما مجازات اعدام فقط در صورتی صادر می‌گردد که فردی که مورد تهمت قرار می‌گیرد، مسلمان باشد. ماده ۲۵۱ قانون مجازات اسلامی می‌گوید: «قذف در صورتی موجب حد می‌شود که قذف شونده در هنگام قذف، بالغ، عاقل، مسلمان، معین و غیرمتظاهر به زنا یا لواط باشد.» اگر کسی که مورد توهین قرار می‌گیرد، مسلمان نباشد، فرد توهین‌کننده به ۳۱ تا ۷۴ ضربه شلاق تعزیری درجه شش محکوم می‌گردد.
آشکارترین تبعیض در قانون مجازات اسلامی ایران در مقوله قصاص دیده می‌شود. ماده ۳۰۱ قانون مجازات اسلامی می‌گوید: «قصاص در صورتی ثابت می‌شود که مرتکب، پدر یا از اجداد پدری مجنیٌ علیه نباشد و مجنیٌ علیه، عاقل و در دین با مرتکب مساوی باشد. تبصره- چنانچه مجنیٌ علیه مسلمان باشد، مسلمان نبودن مرتکب، مانع قصاص نیست.» به این ترتیب اگر یک فرد مسلمان یک غیرمسلمان را بکشد، اعدام نخواهد شد؛ بلکه حداکثر بین سه تا ده سال زندانی می‌شود. اما اگر یک غیرمسلمان یک مسلمان را بکشد، به اعدام محکوم خواهد شد.
تبصره ۲ ماده ۳۱۰ قانون مجازات اسلامی می‌گوید: «اگر مجنیٌ علیه غیرمسلمان باشد و مرتکب پیش از اجرای قصاص، مسلمان شود، قصاص ساقط و علاوه بر پرداخت دیه به مجازات تعزیری مقرر در کتاب پنجم تعزیرات، محکوم می‌شود.» بدین ترتیب یک غیرمسلمان می‌تواند علیه یک غیرمسلمان دیگر مرتکب جنایت گردد؛ ولی با مسلمان شدن از مجازات قصاص در امان بماند.
بر اساس ماده ۵۵۴ قانون مجازات اسلامی دیه جنایت بر اقلیت‌های شناخته شده در قانون اساسی به اندازه دیه مسلمانان است. اما وضعیت دیه شهروندان غیرمسلمانی که جزو اقلیت‌های به رسمیت شناخته شده نیستند، در قانون قید نشده است. در سال ۱۳۶۴ یک دادگاه رای داد که دیه به مقتول بهایی تعلق نمی‌گیرد.
مجموعه قوانینی که در بالا به آن پرداخته شد، حکایت از سیستمی بسیار تبعیض‌آمیز دارد که باور مذهبی نه تنها در مشاغل و موقعیت‌های تحصیلی بلکه در مورد مسائل بنیادین نظیر ارزش جان شهروندان نیز تبعیض را نهادینه کرده است. وجود این قوانین به معنای نادیده گرفتن و نقض صریح تعهدات بین‌المللی ایران در قبال حقوق بشر است.
