زهتاب در خلخال با دختر یکی از بهاییان شهر ازدواج کرد که حاصل ازدواج‌شان دو دختر و دو پسر بود که همگی در خلخال به دنیا آمدند.

رفتار دکتر زهتاب هر روز بر محبوبیت او را در بین اهالی منطقه می‌افزود. محبوبیت همراه با شهرت او به بهایی بودن موجب تحریک متعصبین مذهبی محل شده بود. آن‌ها به دنبال راهی بودند تا زهتاب و خانواده‌اش را مجبور به ترک خلخال کنند.

سرانجام، در سال ۱۳۳۴ در پی شلوغی‌ها و حملاتی که علیه بهاییان در سطح کشور پیش آمد، دکتر اسماعیل زهتاب پس از ۱۳ سال خلخال را به اجبار ترک کرد. او زمانی از این شهر رفت که هیچ دندانپزشک یا دندانسازی در خلخال و اطرافش مطب نداشتند و او تنها دندانساز منطقه بود.

در رمضان سال ۱۳۳۴، شیخ «محمد تقی فلسفی» در موعظه‌هایش که هر روز ظهر از رادیو پخش می‌شد، مردم را علیه بهاییان تحریک می‌کرد. این سخنرانی‌ها که با حمایت آیت‌الله «بروجردی» و توافق شاه انجام می‌گرفت، موجب شد تا بهاییان در بسیاری از شهرهای ایران مورد حمله قرار بگیرند و عاملان هم تحت تعقیب قرار نگیرند. در این حملات تنی چند از بهاییان به قتل رسیدند، خانه‌های ایشان سوزانده شد و بسیاری از ترس جان آواره کوه‌ها شدند. سرانجام، دامنه این شلوغی‌ها به شهر خلخال رسید. بر اثر تحریک چند تن از روحانیون شهر، مردم متعصب به بهانه کسب ثواب اخروی در ماه روزه به منزل دکتر زهتاب حمله کردند. چندین بار منزل او سنگباران شد. مقامات امنیتی و انتظامی شهر که تا قبل از این پیش‌آمد ادعای دوستی می‌کردند و همگی از بیماران زهتاب بودند، هیچ قدمی برای جلوگیری از خراب‌کاری‌ها نکردند؛ حتی دکتر زهتاب را به فرمانداری احضار کردند و از او خواستند تا از اعتقاداتش برگردد و مسلمان شود.

از طرف اداره پلیس به منزل دکتر زهتاب مراجعه کردند و کلیه کتب و نشانه‌های مذهبی را جمع‌آوری و ضبط کردند. دکتر زهتاب را بدون حکم قضایی در یکی از اتاق‌های منزلش حبس کردند. دو مامور را هم در منزل او به بهانه حفاظت او و خانواده‌اش مستقر کردند. زهتاب سه ماه در حبس خانگی بود تا این که یک شب از آن‌جا فرار می‌کند. خودش را به تهران می‌رساند و پس از مدتی، با برگشتن آرامش به شهرها به تبریز می‌رود. چند ماه بعد، زهتاب خانواده‌اش را هم از خلخال به تبریز منتقل می‌کند و زندگی جدیدی را در این شهر آغاز می‌کنند. در حالی‌که مردم خلخال به خاطر ناآگاهی تعدادی از اهالی متعصب از داشتن تنها دندانپزشک و دندانساز شهرشان محروم می‌شوند.