نیکنام در اتاق سایت «انتخاب» در «کلاب‌هاوس» گفت وی به دلیل عدم التزام به اسلام رد صلاحیت شده است. این در حالی است که وی زرتشتی و رییس «انجمن زرتشتی‌های یزد» است.
پیش از این، پیروزی نیکنام در انتخابات شورای شهر یزد و حضور وی در این شورا نیز به دنبال دخالت شورای نگهبان جنجال‌ساز شده بود.
سپنتا نیکنام در سال ۱۳۹۶ با کسب ۲۲ هزار رای، برای بار دوم وارد شورای شهر یزد شد. با این حال، به دنبال شکایت «علی‌اصغر باقری»، یکی از نامزدهای شکست‌خورده در انتخابات شورای شهر یزد که رابطه نزدیکی با سپاه پاسداران و محافل تندرو استان یزد داشت، دیوان عدالت اداری در شهریور ۱۳۹۶ عضویت نیکنام در شورای شهر را تعلیق کرد.
این دیوان اعلام کرد که این حکم با استناد به نظر «احمد جنتی»، دبیر شورای نگهبان که معتقد است عضویت اقلیت‌های مذهبی در شوراهای شهرهایی که اکثریت آن را مسلمانان تشکیل می‌دهند ممنوع است، صادر شده است.
جنتی با استناد به سخنان مبهمی از «روح‌الله خمینی» در سال ۱۳۵۸، عضویت اقلیت‌های مذهبی در شورای شهرهایی که اکثریت آن‌ها مسلمان هستند را «غیر شرعی» تشخیص داده بود.
نظر شورای نگهبان درباره تعلیق عضویت سپنتا نیکنام با مقاومت نمایندگان مجلس دهم روبه‌رو شد. در آذر ۱۳۹۶، این مجلس طرحی دو فوریتی را با عنوان «اصلاح قانون تشکیلات شورای شهر در انتخاب شهرداران» به تصویب رساند که در آن حق اقلیت‌های دینی برای حضور در شورای شهر مورد تاکید قرار گرفته بود.
چنان‌که انتظار می‌رفت، شورای نگهبان این طرح را رد کرد اما با پافشاری مجلس شورای اسلامی بر مصوبه خود، سرانجام این طرح به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارسال شد و در ۳۰ تیر ۱۳۹۷ اعضای مجمع با تایید نظر مجلس، حکم به بازگشت سپنتا نیکنام به شورای شهر دادند.
سپنتا نیکنام تنها نامزدی نیست که با رد صلاحیت، از حضور در انتخابات پیش روی شوراهای شهر و روستا محروم شده است. محافل نزدیک به اصلاح‌طلبان رد صلاحیت‌ها را به ویژه در شهرهای بزرگ بی‌سابقه ارزیابی کرده‌اند.
«شکرالله حسن‌بیگی»، رییس ستاد انتخابات در استان تهران گفته است ۸۱ درصد از اعضای فعلی شوراهای شهر در استان تهران برای شرکت در انتخابات شوراهای شهر و روستا رد صلاحیت شده‌اند.
خبرگزاری «ایسنا» نیز پیش‌تر با انتشار گزارشی، از رد صلاحیت تمام اعضای شورای شهر اصفهان خبر داده بود.
ششمین دوره انتخابات شوراهای شهر و روستا هم‌زمان با انتخابات ریاست جمهوری در ۲۸ خرداد ۱۴۰۰ برگزار می‌شود.