اردیبهشت ۱۳۶۲، «جلال حکیمان»، برادر بزرگ رحمتالله به همراه بهایی دیگری، پس از هفت ماه بازداشت، بدون محاکمه رسمی به اتهام پیروی از آیین بهایی در زندان «اوین» اعدام شدند. خانوادههایشان تا ۱۰ روز از اعدام آنها مطلع نبودند. جسدها را به خانوادههایشان تحویل ندادند و احتمالاً ماموران دولتی آنها را به خاک سپردند. اعدام این دو بهایی، آغازگر دستگیری و اعدامهای گسترده بهاییان در سال ۱۳۶۲ بود. در آن سالها، رحمتالله حکیمان از طرف بهاییان کرمان به عضویت شورای مدیریت جامعه بهایی کرمان به نام «محفل روحانی بهاییان کرمان» انتخاب شده بود. تعداد زیادی از اعضای این شوراها در شهرهای مختلف ایران دستگیر شده بودند و هر لحظه بیم آن میرفت که حکیمان هم دستگیر شود. ولی مسوولیتی که از طرف بهاییان شهر بر عهدهاش گذاشته شده بود، او را به ماندن در ایران ترغیب میکرد.
۱۲ شهریور ۱۳۶۲، جامعه بهاییان ایران در بیانیهای اعلام کرد برای اثبات حسن نیت خود و بر اساس اصول اعتقادی بهاییان در اطاعت تام از اوامر حکومت کلیه، تشکیلات بهایی در ایران را تعطیل میکند. پس از این بیانیه، همه محافل روحانی در شهرها و روستاها تعطیل شدند. از آن زمان به بعد، حکیمان دیگر هیچ مسوولیتی در تشکیلات بهایی کرمان نداشت ولی عشق به زادگاه، به همشهریها و به بهاییان، دلایلی بودند که ماندن در ایران را بر مهاجرت از کشور ترجیح داد.
دو دختر جوان او در پاکستان بودند و خودش هم میتوانست به آنها ملحق شود ولی باز هم ترک وطن نکرد. در سالهای اوایل بعد از انقلاب، همه بهاییان ممنوعالخروج از کشور و محروم از تحصیلات دانشگاهی بودند. بسیاری از جوانان بهایی مجبور بودند برای ادامه تحصیل، از راه قاچاق به پاکستان بروند تا از آنجا به کشور ثالث فرستاده شوند.
مهر ۱۳۶۲، یکی از اعضای محفل روحانی بهاییان کرمان بازداشت شد. با وجود آگاهی و اطلاع از قریبالوقوع بودن دستگیری، حکیمان کرمان را ترک نکرد. او معتقد بود که هیچ کار اشتباهی نکرده است تا از ترس مجازات فرار کند. رحمتالله حکیمان بهایی بود و تنها تفاوتش با مسوولان نظام، اعتقاد قلبی او بود.
حکیمان ۵۰ سال با همین اعتقاد قلبی در کنار مردم کرمان با صلح و آرامش زندگی کرد و بعد از آن هم دلیلی برای به هم خوردن آرامش خود نمیدید تا مجبور به فرار از زادگاهش شود.
صبح روز جمعه ۹ دی ۱۳۶۲، به دنبال مراجعه تعدادی پاسدار به منزل حکیمان و پس از هشت ساعت بازرسی و ضبط کلیه کتب، نوارهای دینی و بعضی وسایل شخصی او، رحمتالله حکیمان را بازداشت کردند. ابتدا او را به دادستانی انقلاب انتقال دادند و مانند سایر بازداشتشدگان بهایی، ممنوعالملاقات شد.
در آن روز به جز حکیمان، چند تن دیگر از اعضای محفل روحانی کرمان هم بازداشت شدند. بازداشت این شهروندان بهایی به اتهام عضویت در محفل روحانی کرمان در حالی رخ داد که چهار ماه پیشتر تشکیلات جامعه بهایی در ایران، از جمله محافل روحانی شهرها تعطیل شده بودند و حکیمان دیگر عضو شورای اداره کننده جامعه بهایی، یعنی محفل روحانی نبود.
همسر حکیمان میگوید: «رحمت را جلوی چشممان بردند. در آخرین لحظات حتی به او اجازه ندادند که خودش به داخل بیاید و لباس بپوشد. به من گفتند لباسهایش را ببرم تا همان جا، مقابل آنها بپوشد. وقتی کت و شلوارش را به او دادم، حلقه ازدواجمان را آهسته از انگشتش درآورد و طوری که پاسدارها نبینند، در کف دست من گذاشت.»
این آخرین دیدار او با همسرش بود. حکیمان را پس از بازداشت، ممنوعالملاقات کردند. مسوولان هیچ پاسخی در مورد پرونده و وضعیت او نمیدادند. هیچ خبری از رحمتالله حکیمان نبود تا آن که خبر درگذشتش در زندان شنیده شد.