باورهای مذهبی زندانیان چپ‌گرا در جریان کشتار تابستان ۱۳۶۷، نقش تعیین‌کننده‌ای داشت و حکم‌های اعدام آنان پس از چند سوال در این زمینه صادر می‌شد. اما از آن‌جا که این اعدام‌ها در بستر سرکوب زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ رخ داد و حکم‌های اعدام در دادگاه‌های چنددقیقه‌ای و بدون صدور دادنامه صادر شد، استدلال حقوقی و یا بحث فقهی مکتوب در مورد مقوله ارتداد که قابل دسترسی و مطالعه باشد، از آن اعدام‌ها به‌جا نمانده است؛ اما در موارد دیگری که قوه قضاییه جمهوری اسلامی اقدام به تشکیل پرونده و صدور دادنامه نموده و یا گزارش‌هایی در مورد روند قضایی منتشر شده، دیدگاه‌های حقوقی قضات جمهوری اسلامی و تفسیر آنان از مقوله ارتداد در روند قضایی منعکس شده است. موارد زیر نشان می‌دهد که اتهام ارتداد در موارد بسیار متفاوت و به انگیزه‌های متفاوت علیه شهروندان ایرانی مطرح شده است.
یکی از اولین موارد اعدام به جرم ارتداد مربوط به «بهمن شکوری» است. بر اساس گزارش‌ها، بهمن شکوری در پاییز ۱۳۵۹ به دلیل تغییر مذهب از تشیع به تسنن به حکم «محمد محمدی گیلانی»، حاکم شرع وقت تهران، اعدام شد. «حسین سودمند» تنها نوکیش مسیحی است که رسما به جرم ارتداد اعدام شده است. او پیش از انقلاب ۱۳۵۷ به مسیحیت گرویده بود و در منزل خود یک کلیسای خانگی تاسیس کرده بود. او در ۱۲ آذر ۱۳۶۹ در مشهد اعدام شد. «سیدعلی غرابات» در ۶ بهمن ۱۳۸۹ در اهواز اعدام شد. اتهامات او ارتداد و ترغیب به فساد بود. به گزارش خبرگزاری مشرق، او ادعای خدایی نموده و عنوان کرده بود که با امام دوازدهم شیعیان در ارتباط است. بر اساس گزارش مشرق او در استان خوزستان دارای پیروانی نیز بوده است. «حسن یوسفی اشکوری» پس از بازگشت از کنفرانس برلین که در سال ۱۳۷۹ برگزار شد، متهم به ارتداد و محکوم به اعدام گردید. علت متهم شدن او به ارتداد این بود که وی در کنفرانس برلین گفته بود که قوانین اجتماعی اسلام نظیر حکم قطع دست دزد و حجاب قابل تغییر هستند. اشکوری از سوی دادگاه ویژه روحانیت به اعدام محکوم شد؛ اما در دادگاه تجدید نظر حکم او نقض گردید. در محاکمه مجدد اتهام ارتداد مطرح نشد و یوسفی اشکوری به اتهامات دیگری به چهار سال زندان محکوم گردید. «هاشم آغاجری»، استاد دانشگاه تربیت مدرس، طی یک سخنرانی در همدان در خرداد ۱۳۸۱ از مفهوم شیعی «تقلید» از یک مرجع تقلید انتقاد کرد و گفت: «مگر مردم میمون هستند که از او تقلید بکنند؟» در پی این سخنرانی و حملات شدید روحانیون شیعه به او، آغاجری در مرداد ۱۳۸۱ دستگیر شد. در کیفرخواستی که علیه او صادر شد، صحبت‌های او، از جمله تشبیه تقلید به کار میمون‌ها، انکار اصل دین تلقی شد. شعبه ۱۴ دادگاه عمومی همدان، در ابتدا آغاجری را با استناد به ماده ۵۱۳ قانون مجازات اسلامی مصوب ۱۳۷۰ و به جرم «سب النبی» به اعدام محکوم کرد؛ اما این رای در دیوان عالی کشور نظر نقض شد و پرونده برای بررسی دوباره به دادگاه بازگردانده شد. دادگاه این بار آغاجری را به اتهام ارتداد به اعدام محکوم کرد. دیوان عالی کشور مجددا رای را نقض کرد؛ ولی این بار پرونده را به شعبه ۱۰۸۳ دادگاه عمومی تهران اعاده کرد. دادستان کل تهران اتهامات سب النبی و ارتداد را مطرح نکرد و در عوض به اتهام خفیف‌تر «توهین به مقدسات» بسنده نمود. دادگاه نیز در رای خود آغاجری را از اتهام ارتداد بری دانست، اما وی را در مورد اتهام توهین به مقدسات مجرم دانست و او را به پنج سال زندان محکوم کرد. دو سال از حکم آغاجری تعلیق شد. آغاجری در نهایت در مرداد ۱۳۸۳ از زندان آزاد شد. «یوسف ندرخانی» یک نوکیش مسیحی است که در ۱۹ سالگی به مسیحیت گروید. وی در ۱۳۸۸ دستگیر شد. او در شهریور ۱۳۸۹ به جرم ارتداد به اعدام محکوم شد. در دادنامه‌ای که از سوی شعبه یازدهم دادگاه تجدید نظر گیلان صادر شد، آمده است که او «به‌کرات در تحقیقات مقدماتی و جلسات متعدد بازپرسی منکر نبوت پیامبر عظیم‌الشان اسلام (ص) و حاکمیت دین مقدس اسلام شده است و با تشکیل جلسات تبشیری و دعوت دیگران به مسیحیت و کلیسای خانگی و انجام غسل تعمید و بیان اعتقاد خود به مسیحیت و انکار ضروریات مکتب مقدس اسلام ارتداد خود را اعلام نموده است.» دیوان عالی کشور این رای را به علت «نقض تحقیقاتی» نقض نمود. در پی محاکمه مجدد دادگاه ندرخانی را از اتهام ارتداد مبری دانسته، ولی وی را به سه سال حبس برای تبلیغ مسیحیت محکوم نمود. او در ۱۸ شهریور ۱۳۹۱ آزاد شد. «ذبیح‌الله محرمی»، شهروندی بهایی بود که به اتهام ارتداد به اعدام محکوم شد. علت متهم شدن او به ارتداد این بود که اطلاعیه‌ای منتسب به وی در یک روزنامه انتشار یافته بود که وی در آن از آیین بهایی تبری جسته بود. به دنبال انتشار این اطلاعیه جامعه بهایی عضویت وی در آن جامعه را لغو کرد. محرمی اصرار داشت که این اطلاعیه بدون رضایت و امضای او منتشر شده است. محرمی در سال ۱۳۷۰ دوباره در جامعه بهایی پذیرفته شد. به عنوان بخشی از روند پذیرفته شدن مجدد وی در جامعه بهایی، این جامعه از محرمی خواست نامه‌ای به اداره اطلاعات نوشته و آن‌ها را مطلع نماید که وی چنین اطلاعیه‌ای را در روزنامه منتشر نکرده است. به دنبال فرستادن این نامه محرمی بازجویی شد؛ ولی دستگیر نگردید. اما چهار سال بعد محرمی به دلیل اینکه ندامتش از عضویت در جامعه بهایی را انکار کرده، بازداشت شد. مقامات ایرانی محرمی را به ارتداد متهم کردند؛ زیرا به دلیل تبری پیشین او از آیین بهایی وی را فرد مسلمانی تلقی می‌کردند که بهایی شده است. محرمی ابتدا محکوم به اعدام شد؛ اما سپس مجازات او به «حبس ابد» تقلیل یافت. محرمی در سال ۱۳۸۴ در زندان به نحو مشکوکی درگذشت.
مجازات شهروندان ایرانی به جرم ارتداد مغایر بسیاری از موازین بین‌المللی حقوق بشر است.
آزادی اندیشه، وجدان و مذهب: ماده ۱-۱۸ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی که ایران آن را امضا و تصویب نموده است، می‌گوید: «هر کس حق آزادی فکر، وجدان و مذهب دارد. این حق شامل آزادی داشتن یا قبول یک مذهب یا معتقدات به انتخاب خود، همچنین آزادی ابراز مذهب یا معتقدات خود، خواه به‌طور فردی یا جمعی، خواه به طورعلنی یا در خفا در عبادات و اجرای آداب و اعمال و تعلیمات مذهبی میباشد.» همچنین ماده ۲-۱۸ این میثاق می‌گوید: «هیچ‌کس نباید مورد اکراهی واقع شود که به آزادی او در داشتن یا قبول یک مذهب یا معتقدات به انتخاب خودش لطمه وارد آورد.»
بر طبق این تعاریف، جرم دانستن تغییر مذهب نقض صریح ماده ۱۸ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی است. تحت قوانین ایران شهروندان مسلمان عملا مجبور هستند، از پذیرش باورهای متفاوت پرهیز نمایند.
برابری در برابر قانون: ماده ۲۶ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی می‌گوید: «کلیه اشخاص در مقابل قانون متساوی هستند و بدون هیچ‌گونه تبعیض، استحقاق حمایت بالسویه قانون را دارند. از این لحاظ قانون باید هرگونه تبعیض را منع و برای کلیه اشخاص حمایت موثر و متساوی علیه هر نوع تبعیض خصوصاً از حیث نژاد، رنگ، جنس، زبان، مذهب، عقاید سیاسی و عقاید دیگر، اصل و منشاء ملی یا اجتماعی مکنت، نسب یا هر وضعیت دیگر تضمین بکند.»
جرم دانستن تغییر مذهب اصل برابری در قانون را نقض می‌کند. از یک سو مسلمانانی که بخواهند آیین دیگری را بپذیرند، مورد تبعیض قرار می‌گیرند. از سوی دیگر باورمندان به سایر عقاید قادر به تبلیغ و گسترش باورهای خود نیستند؛ چون تغییر مذهب از اسلام به یک باور دیگر می‌تواند منجر به شدیدترین مجازات گردد.
حق حیات: بر اساس ماده ۶ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی مجازات اعدام تنها در مورد «مهم‌ترین جنایات» مجاز است. این میثاق عبارت «مهم‌ترین جنایات» را تعریف نمی‌کند. بر اساس تفسیر عمومی شماره ۶ که از سوی کمیساریای عالی حقوق بشر تدوین شده است، عبارت «مهم‌ترین جنایات» باید به طور محدود تفسیر شود؛ به نحوی که مجازات مرگ اقدامی کاملا استثنایی قلمداد شود. با توجه به اینکه تغییر مذهب اساسا نباید جرم تلقی شود، مجازات مرگ برای ارتداد ناقض حق حیات است. تعریف مشخص جرم: ماده ۱-۱۵ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی می‌گوید: «هیچ‌کس برای انجام یا عدم انجام عملی که در موقع ارتکاب، آن عمل به موجب حقوق ملی یا بین‌المللی جرم شناخته نمیشده است، محکوم نخواهد شد. به همین طریق هیچ مجازاتی شدیدتر از آنچه که در موقع ارتکاب جرم بدان تعلق می‌گرفت، درباره احدی اجرا نخواهد شد.» از آن‌جایی که جرم ارتداد در قوانین کیفری ایران تعریف نشده است، مجازات شهروندان برای ارتداد، نقض اصل قانونی بودن جرائم و مغایر ماده ۱-۱۵ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی است.
