شیخ «محمد صالح ضیایی»، یک روحانی اهل سنت و فارغ‌التحصیل «دانشگاه اسلامی مدینه» در عربستان سعودی، در سال ۱۳۶۰ در بندر‌عباس یک حوزه علمیه برای اهل سنت تاسیس کرد و امام جمعه آن‌ها در این شهر شد. او را در همان سال و در پی مصاحبه‌ای با یک روزنامه کویتی در مورد تبعیض علیه اهل سنت در ایران بازداشت و محکوم به مرگ کردند اما سپس آزاد شد.
سال‌ها بعد و پس از اعدام یکی از رهبران مذهبی اهل سنت در شیراز به نام دکتر «مظفریان» در ۱۳۷۱، ضیایی تحت فشار مضاعف قرار گرفت و هر ماه برای بازجویی از سوی ماموران وزارت اطلاعات به تهران احضار می‌شد.
او تیر ۱۳۷۳ برای بازجویی به شهر لار در استان فارس احضار شد. پنج روز بعد جسدش را پیدا کردند. گزارش شده بود که سر شیخ ضیایی را از بدنش جدا و یک پا و یک دستش را قطع کرده بودند. اما مقامات جمهوری اسلامی اعلام کردند که او در یک سانحۀ رانندگی کشته شده است. این در حالی بود که جسد ضیایی در کنار خودروی او پیدا شده بود و خودرو نیز نشانی از آسیب دیدن در تصادف نداشت. جمهوری اسلامی هیچ‌گاه تحقیقات جامعی در مورد این قتل انجام نداد و توضیح قانع کننده‌ای ارائه نکرد.
ماموستا «محمد ربیعی»، یک روحانی اهل سنت و از رهبران جامعه کُردهای ایران در سال ۱۳۵۸ به عنوان امام جمعه اهل سنت کرمانشاه منصوب شد. او در پی پخش سریال «امام علی» از تلویزیون جمهوری اسلامی، از این مجموعه تلویزیونی انتقاد کرد. در روز ۱۲ آذر ۱۳۷۵، ماموستا ربیعی در حالی که به سمت ایستگاه تلویزیون محلی کرمانشاه رانندگی می‌کرد، ناپدید شد. پیکر او بعدا در کنار خودرویش پیدا شد. عمامه‌اش زیر سر و عینک و عبای او روی سینه‌اش قرار داده شده بودند. کالبد شکافی بدون رضایت خانواده انجام و علت مرگ، سکته قلبی اعلام شد. همسر ماموستا ربیعی، «عایشه مفاخری»، در مصاحبه‌ای گفت که ماموران وزارت اطلاعات او را در یکی از آخرین بازجویی‌هایش مورد تهدید و ارعاب قرار داده بودند. با وجود درخواست خانواده برای انجام تحقیقات جامع، جمهوری اسلامی تحقیق و رسیدگی قانع کننده‌ای در مورد جان باختن ماموستا ربیعی انجام نداده است.
در سال ۱۳۷۵، عبدالعزیز مجد، شهروند اهل سنت و استاد «دانشگاه زاهدان» پس از سخنانی در انتقاد از سریال امام علی ربوده شد. جسد او بعدا در نزدیکی دفتر وزارت اطلاعات پیدا شد.
«حسین برازنده» یک متفکر مذهبی و از منتقدان ولایت فقیه بود. طبق برخی گزارش‌ها، او سنی مذهب شده بود یا به جامعۀ اهل سنت وابستگی داشت. نامش در بین قربانیان قتل‌های زنجیره‌ای دهه ۱۳۷۰ ذکر شده است. جسد او روز۱۶ دی ۱۳۷۳ در نزدیکی زندان «وکیل‌آباد» مشهد پیدا شد.
اسفند ۱۳۷۸، «شمس‌الدین کیانی»، یک طلبه جوان در حوزه علمیه اهل سنت زاهدان ناپدید شد. جسد او را مدتی بعد زیر یک پل در خارج از زاهدان پیدا کردند. آثار شکنجه، از جمله سوختگی روی پیکر او دیده شد. توضیح قانع کننده‌ای راجع به نحوه جان باختن کیانی نیز داده نشد.
اسفند ۱۳۹۳، یک روحانی جوان سنی به نام ماموستا «محمد صالح علیمرادی» توسط افراد ناشناس در کرمانشاه به ضرب گلوله کشته شد. تا به امروز ماجرای قتل او حل نشده باقی مانده است.
چند تن از روحانیون اهل سنت نیز در تصادف رانندگی کشته شده‌اند که ظن سوء قصد به آن‌ها را تقویت می‌کند. مولانا «محمد ابراهیم دامنی» در سال ۱۳۸۳، در یک تصادف رانندگی جان باخت. در فروردین ۱۳۸۵، مولوی «نعمت‌الله میربلوچ»، مولوی «عبدالکریم حسن‌آبادی» و مولوی «عبدالله» در یک سانحۀ رانندگی کشته شدند. مولانا «عبداللطیف حیدری»، متفکر برجسته سنی در استان خراسان رضوی هم به همین منوال در بهمن ۱۳۸۷ در یک حادثۀ رانندگی کشته شد.
علاوه بر مواردی که ذکر شد، تعداد زیادی از روحانیون اهل سنت ایرانی در خارج از کشور به قتل رسیده‌اند. مولانا «عبدالملک ملک‌زاده» و مولوی «عبدالناصر جمشیدزهی» در اسفند ۱۳۷۴ در کراچی به ضرب گلوله کشته شدند. مولوی «نورالدین غریبی کردار»، از بزرگان اهل سنت استان خراسان نیز در سال ۱۳۷۷ در تاجیکستان به ضرب گلولۀ افراد ناشناس از پا درآمد.
در اردیبهشت ۱۳۸۰، مولوی «موسی کرم‌پور»، روحانی مشهور اهل سنت در اثر انفجار یک بمب در هرات کشته شد. هم‌چنین مولانا «محمد ابراهیم صفی‌زاده»، از علمای اهل تسنن در اردیبهشت ۱۳۹۸ در هرات به ضرب گلولۀ افراد ناشناس مجروح شد و بعد از چند روز درگذشت.
مجموعۀ مواردی که در بالا ذکر شدند و عدم پاسخ‌گویی جمهوری اسلامی راجع به این قتل‌ها، نمونه‌ای از نقض حقوق شهروندان اهل سنت در ایران است. دست داشتن احتمالی جمهوری اسلامی در این قتل‌ها و حداقل انجام ندادن تحقیقات جامع در مورد نحوه جان باختن و یا قتل این شهروندان، نشان گر وضعیت خطیر اقلیت‌های مذهبی در ایران است.