دادگاه انقلاب مرکز، حبیب‌الله عزیزی را پس از چهارده ماه حبس، به اعدام محکوم کرد. قاضی و تاریخ برگزاری دادگاه او نامعلوم است. جلسه دادگاه او غیرعلنی بوده و عزیزی از حق داشتن وکیل محروم بوده است. تنها اطلاعات موجود این است که در آن زمان، «محمد محمدی گیلانی» رییس دادگاه انقلاب مرکز و «اسدالله لاجوردی»، دادستان انقلاب تهران بوده‌اند.
هم‌چنین عزیزی در طی دوره بازداشت برای برائت از اعتقادات مذهبی خود تحت فشار بوده و به او در صورت انکار آیین بهایی وعده آزادی داده بودند.
حبیب‌الله عزیزی را بدون اطلاع خانواده و آخرین ملاقات تیرباران کردند، سپس ماموران جسد را بدون انجام مراسم مذهبی و حضور خانواده، در قبرستان مسلمانان در گوشه‌ای جداگانه دفن کردند. خانواده او دو روز بعد با خواندن خبری در روزنامه، از اعدام وی مطلع شدند.
آنان توانستند با پیگیری زیاد، جسد را پس از ۲۴ ساعت تحویل بگیرند و با انجام مراسم، در قبرستان بهاییان دفن کنند. قابل ذکر است، خانواده حبیب‌الله عزیزی در دوره بازداشت او در انگلستان بودند و عزیزی از طریق نامه از زندان با آن‌ها در ارتباط بود. تنها نزدیکان او در ایران، مادر و دو خواهرش بودند که با او در زندان ملاقات می‌کرده‌اند.
مدت کوتاهی بعد از اعدام حبیب‌الله، مادر ۸۶ ساله او، دو خواهرش و همسران آن‌ها را هم به دلایل نامشخص بازداشت کردند و در زندان اوین تحت بازجویی قرار دادند.
کلیه اموال و املاک حبیب‌الله عزیزی و بستگان نزدیک او در ایران به حکم دادگاه انقلاب اسلامی مصادره می‌شود. یکی از نزدیکان عزیزی تعریف می‌کند که خانم عزیزی را چند روز زودتر از دخترانش آزاد می‌کنند، او بی‌خبر به در منزلش می‌رود که با پلمب آن‌جا رو‌به‌رو می‌شود. چون دخترانش زندان بودند و او هم جایی نداشته تا برود، از خستگی کنار دیوار منزل مصادره شده می‌نشیند. پس از ساعتی، همسایه‌ها چند نفر از خویشان او را پیدا و وضعیت خانم عزیزی را به آنان اطلاع می‌دهند. آن‌ها هم دنبال وی می‌آیند و او را با خودشان می‌برند.
روزنامه اطلاعات در ۹شهریور۱۳۶۰، اطلاعیه‌ای را از طرف روابط عمومی کل انقلاب منتشر کرد که دادگاه انقلاب پانزده تن از اعضای گروه‌های تروریستی را به جرم توطئه و قیام مسلحانه علیه انقلاب اسلامی محارب و مفسد‌فی‌الارض شناخته، و حکم اعدام دو شب قبل در مورد آن‌ها به اجرا در آمد.
نفر چهاردهم این فهرست، حبیب‌الله عزیزی شهروند ۶۶ ساله بهایی است که چون او را با اعضای گروه‌های سیاسی اعدام کردند، اتهام ارتباط با این گروه‌ها را هم بعد از اعدام به اتهام بهایی بودن اضافه کرده‌اند. در این اطلاعیه آمده است که:
«حبیب‌الله عزیزی فرزند مرتضی، ارتباط گسترده با گروهک‌های فدائیان خلق اقلیت و منافقین، پخش نشریه و اعلامیه‌های آنان، کمک مالی به مراکز تبلیغاتی بهاییت در کشورهای صهیونیستی، فعالیت بین‌المللی و ایجاد مراکز بهاییت.»
