در دوران ریاست جمهوری احمدی‌نژاد و به‌ویژه در سال ۱۳۸۸، شایعه‌هایی درباره سابقه یهودی خانواده رییس دولت مطرح و گفته شد که نام خانوادگی او «صبورجیان» بوده که یک نام یهودی است. در آن زمان، «سیامک مره صدق»، نماینده یهودیان ایران در مجلس شورای اسلامی اما گفت محل زندگی خانواده احمدی‌نژاد یهودی‌نشین نبوده است.
بعدها اما برخی از افراد، از جمله «مهدی خزعلی» این موضوع را تکرار کردند. خبرگزاری «ایلنا» نیز نوشت براساس شواهد و مستندات موجود، نام خانوادگی قبلی احمدی‌نژاد «صباغیان» بوده که به ادعای «داوود احمدی‌نژاد»، برادر رییس‌جمهوری وقت، پس از انقلاب به احمدی‌نژاد تغییر کرده است.
داوود احمدی‌نژاد نیز گفته بود: «در جمهوری اسلامی ایران نیز بعد از انقلاب اعلام کردند که هر کسی فامیلی‌اش مشکل دارد یا خوشش نمی‌آید، بیاید و عوض کند. پدرم نیز از آن فامیلی خوشش نمی‌آمد، بنابراین به واسطه اسم خودشان، فامیل‌شان را گذاشتند احمدی‌نژاد.»
اتهام یهودی بودن احمدی‌نژاد در حالی مطرح می‌شد که او در ابتدای دوره ریاست جمهوری خود، از نابودی اسرائیل سخن گفت و هولوکاست را انکار کرد. بخشی از اقدامات دولت احمدی‌نژاد در انکار هولوکاست توسط «محمدعلی رامین» انجام شد که اتفاقا او هم از سوی منتقدان، به یهودی بودن متهم شد. حتی خبرهایی نیز درباره بازداشتش به اتهام جاسوسی مطرح شده بود. در نهایت اما این خبرها تایید نشدند.
مهدی خزعلی هم‌چنین ضمن یهودی‌تبار خواندن «سعید امامی»، «صادق لاریجانی» را نیز شبیه به او خوانده و نوشته بود: «اگر یک عامل موساد بر قوه قضاییه ریاست می‌کرد، همان مسیری را می‌رفت که شما می‌روید و همان کاری را می‌کرد که شما می‌کنید و این برخلاف مصالح انقلاب، نظام و خیانت به رهبری است.»
در بازجویی مقامات وزارت اطلاعات که به اتهام نقش داشتن در قتل‌های زنجیره‌ای بازداشت شده بودند و هم‌چنین همسر سعید امامی، اتهام‌های یهودی یا بهایی بودن آن‌ها مطرح شد و این اتهامات همراه با اتهاماتی چون جاسوسی برای اسرائیل بودند.
عبدالله شهبازی: اتهام یهودی بودن شهبازی به محمود خاوری و اتهام بهایی بودن به حسینیان
«عبدالله شهبازی» از جمله افرادی است که علاوه بر یهودی‌ستیزی، برخی از مقامات جمهوری اسلامی را به یهودی یا بهایی بودن متهم کرده است. او از جمله افرادی بود که مدعی شد محمود احمدی‌نژاد یهودی‌تبار است.
شهبازی هم‌چنین «محمود خاوری»، مدیرعامل پیشین «بانک ملی ایران» که به «اختلاس» متهم شد را یهودی خوانده و گفته بود که نام خاوری (مشرقی) شکل ایرانی شده «میزراحی» (مشرقی) است که نام فامیلی شناخته شده یهودیان در ایران است و فرضیه یهود مخفی بودن خاوری بسیار جدی است.
پس از آن، برخی سایت‌ها نوشتند: «خاوری فردی عشیره‌ای از طوایف خرم‌آباد است و همین الان خواهران و سایر اعضای خانواده او که نسل بر نسل اجدادشان از عشایر آن‌جا است، دارند در خرم‌آباد زندگی می‌کنند.»
شهبازی پس از این واکنش‌ها نوشت که نحوه انتقال پول‌های خاوری از ایران شبیه به «آبراهام میزراحی»، یک یهودی دوره شاه بود اما با این حال، مساله میزراحی بودن محمودرضا خاوری را به صورت سوال و فرضیه مطرح کرده است.
شهبازی هم‌چنین دماوند را مرکز «یهودیان مخفی» خوانده است؛ منطقه‌ای که محل زندگی برخی از چهره‌های شاخص حکومت، از جمله «حسین شریعتمداری» بوده است.
او «روح‌الله حسینیان» را نیز به بهایی بودن متهم کرده و نوشته بود که او اهل روستای بهایی‌نشین «صُغاد» آباده است.
حسینیان اما این اتهام را رد کرد و گفت: «روستای ما، روستای افراد متعصب دینی بود و تنها در سال ۱۳۳۴ دو خانواده در آن متهم به بهایی‌گری بودند اما همین دو خانواده در مسجد اعتراف کردند که مسلمان هستند.»
