او برای تدریس در مدارس آلیانس، در اولین ماموریتش عازم اصفهان شد و در دبیرستان اتحاد تحت مدیریت «مسیو شما» مشغول به تدریس شد.

سال ۱۳۳۱ خورشیدی الیاس اسحاقیان با دختر خاله خود، «پروین‌دخت» از خانواده «کاشر» ازدواج کرد که ماحصل این ازدواج چهار فرزند پسر است.

الیاس اسحاقیان به عنوان دبیر زبان فرانسه، طی مدت یک سال، خدمات پُر ثمری از خود نشان داد. از این رو، از طرف موسسه آلیانس با کسب سمت ریاست مدارس اتحاد شهرستان یزد، در سال تحصیلی ۱۳۳۲ خورشیدی عازم یزد شد.

لیاقت و شایستگی او در مقام مدیر مدرسه اتحاد یزد، طی مدت دو سال در خور توجه و بسیار چشمگیر بود و همین امر باعث گسترش و کسب تحصیل در بین نوباوگان کلیمی شد.

الیاس اسحاقیان با همکاری اعضای انجمن کلیمیان یزد، به ویژه «حاجی متینا ریوانی»، رییس انجمن موفق به تاسیس کلاس‌های اول و دوم دبیرستان شد و پس از مدتی کلاس سوم متوسطه هم گشوده شد. بدین ترتیب با تلاش وی پایه تداوم تحصیلات عالیه برای مشتاقان به ادامه تحصیل در یزد پی‌ریزی شد.

سال ۱۳۳۴ خورشیدی ریاست مدارس آلیانس در شهر سنندج به وی محول شد. او طی مدت پنج سال خدمات شایان توجهی در راستای توسعه دانش و فرهنگ جوانان سنندج انجام داد و از هیچ کوششی در این راه دریغ نکرد.

وی ابتدا، با دایر کردن کلاس سوم، دوره سیکل اول دبیرستان را کامل و نیز همچنین در دبیرستان دخترانه با اضافه نمودن کلاس‌های پنجم و ششم، دوره تحصیلی ابتدایی را در دبستان دخترانه اتحاد یزد کامل نمود. ضمن آنکه برای داوطلبان کنکور دانشگاه کلاس‌های تقویت زبان را دایر کرد و خود شخصا مشغول به تدریس شد.

الیاس اسحاقیان در سال ۱۳۳۹ خورشیدی به اتفاق خانواده خود، همسر و سه فرزندش، به درخواست خودش، به تهران منتقل شد و ابتدا به عنوان دبیر زبان در مدرسه اتحاد ژاله مشغول به تدریس شد، پس از مدت یک سال مسئولیت ریاست مدرسه اتحاد (عزیز) در خیابان سیروس با داشتن بیش از ۱۵۰۰ محصل و پنجاه کلاس و نیز بیش از یک صد معلم و کارمند به وی واگذار شد.

مدارس عزیز و حشمت، به نام «عزیز القانایان» و «حشمت»، همسر وی بود که این‌ها چون فرزند نداشتند، این ملک را خریده بودند و اهدایش کرده بودند به آلیانس و از طرف آلیانس اسم «عزیز و حشمت» روی این مدرسه گذاشته شده بود.

الیاس اسحاقیان طی مدت بیست و پنج سال خدمت فرهنگی، ضمن تصدی مدیریت چندین مدرسه اتحاد (آلیانس)، نیز مسئولیت تدریس زبان فرانسه را هم (در دوره دوم مدارس آلیانس) عهده‌دار بود.