فرمانده مهرداد با درخواست او موافقت می‌کند و پس از آن، مهرداد بادکوبه به مدت ده ماه تا زمان شهادت به عنوان راننده در گردان ۱۴۴ لشکر ۲۱ حمزه خدمت می‌کند. او در اکثر عملیات‌های لشکر ۲۱ حمزه از جمله والفجر ۱ و ۳ شرکت داشت. سرباز شجاع و خوش‌رویی که در زیر باران گلوله و بمباران، مامور رساندن آذوقه یا کمک‌های اولیه به سربازان خط مقدم بود. انضباط و دقت مهرداد در انجام وظایف محوله، او را به سرباز مورد اعتماد و رضایت فرمانده‌هایش تبدیل کرده بود.

اواخر مهر ۱۳۶۲، موعد مرخصی مهرداد فرا رسیده بود؛ ولی راننده جایگزین او غیبت کرده و از مرخصی برنگشته بود. ۲۸ مهر ۱۳۶۲، مهرداد با ماشین خود در حال انجام ماموریت در جاده مریوان بود که ناگهان با حمله هوایی و اصابت بمب مواجه ‌شد. ده روز بعد، نمایندگان ارتش خبر شهادت مهرداد را به خانواده‌اش می‌دهند. دلیل تاخیر در اطلاع‌رسانی مشخص نیست. در نامه ستاد معراج شهدای کردستان که پس از اعزام پیکر مهرداد بادکوبه به اصفهان صادر شده است تاریخ شهادت ۲۸/۷/۶۲، محل حادثه، مریوان بر اثر بمباران و نحوه شهادت، ترکش به پا و شکم عنوان شده است.